Học sinh và thí sinh tự do bắt đầu làm hồ sơ dự thi THPT Quốc gia năm 2016 từ ngày 1/4/2016 đến ngày 30/4/2016. Theo đó, trong trường hợp mất học bạ thí sinh vẫn được dự thi THPT Quốc gia nhưng cần đảm bảo các yêu cầu sau: Thí sinh tự do có nguyện vọng dự thi THPT năm 2016 nhưng bị mất bản chính học bạ THPT nếu muốn dự thi được phải có xác nhận lại bản sao học bạ được cấp, trên cơ sở đối chiếu với hồ sơ lưu của trường phổ thông nơi học lớp 12 hoặc căn cứ vào hồ sơ dự thi của các kỳ thi trước. Bản chứng thực của các hồ sơ liên quan là bản photocopy được cơ quan công chứng xác nhận. Công an cấp xã xác nhận về cư trú và có đủ tư cách, phẩm chất đạo đức và nghiêm chỉnh chấp hành chính sách, pháp luật của Nhà nước, quy định của địa phương của thí sinh; cơ quan chuyên môn cấp huyện xác nhận các điều kiện được hưởng tiêu chuẩn ưu tiên khác theo quy định tại Điều 36 của Quy chế thi.
Thí sinh tự do có thể mua hồ sơ ở các hiệu sách, các điểm có bán hồ sơ ĐKDT hoặc nhờ bạn bè mua trong trường THPT. Thí sinh tự do sẽ nộp hồ sơ đăng ký dự thi tại địa điểm do các sở GDĐT quy định ngay tại địa phương sao cho thuận tiện nhất. Để có thể cập nhập thông tin về địa điểm nộp hồ sơ, thí sinh truy cập vào website Sở GD&ĐT của tỉnh mình để có được thông tin chính xác nhất.
Khi hạn nộp phiếu đăng ký dự thi (30/4/2016) nếu phát hiện có nhầm lẫn, sai sót, thí sinh phải thông báo kịp thời cho hiệu trưởng trường phổ thông hoặc thủ trưởng đơn vị nơi đăng ký dự thi hoặc cho hội đồng thi trong ngày làm thủ tục dự thi để sửa chữa, bổ sung. Các trường hợp đặc biệt được phép bổ sung các loại giấy chứng nhận để được hưởng chế độ ưu tiên, hưởng cộng điểm khuyến khích phải thực hiện trước ngày tổ chức kỳ thi mới có giá trị. Ngày thi THPT quốc gia 2016 tổ chức trong 4 ngày mùng 1, 2, 3, 4 tháng 7/2016.